Bệnh hại trên hạt giống lúa rất phổ biến, chủ yếu là các bệnh truyền nhiễm, bệnh gây hại ở ngoài đồng theo hạt giống về kho bảo quản và là nguồn lây nhiễm cho vụ sau. Chất lượng giống, chất lượng thương phẩm giảm.

Có 5 loại nấm bệnh chính truyền qua hạt giống lúa.
1. Bệnh lúa von
2. Bệnh thối bẹ
3. Bệnh đốm nâu
4. Bệnh đốm vòng
5. Bệnh cháy lá